Murió en territorio ecuatoriano a causa de un ataque aéreo y terrestre a uno de sus campamentos realizado por fuerzas de seguridad colombianas. Murió desangrado a causa de la amputación de la pierna sufrida cuando, huyendo del bombardeo, cayó víctima de una mina antipersona. El operativo que condujo a la muerte de Reyes desencadenó una controversia internacional entre Colombia y Ecuador, principalmente, al igual que entre Colombia yVenezuela.
Reyes fue el primer miembro del Secretariado abatido por las Fuerzas Militares y se constituye en el mayor éxito militar contra esa organización. Otras operaciones similares terminaron con las vidas de los jefes Tomás Medina Caracas, 'Negro Acacio', en el Vichada y 'Martín Caballero', en el sur de Bolívar.
Otros jefes de las FARC de alto rango que han sido capturados son Juvenál Ricardo Palmera 'Simón Trinidad' (condenado a 60 Años de prisión por el gobierno de EE. UU. acusado de narcotráfico) y 'Martín Sombra', ambos miembros del estado mayor de esa organización. Posteriormente Ivan Rios fue asesinado por uno de sus subalternos para cobrar la recompensa, su lider 'Manuel Marulanda' o 'Tirofijo' murio en medio de una serie de bombardeos por un infarto segun las FARC y 'Jorge Briceño' alias 'El Mono Jojoy', quien murio en la Operacion Sodoma.
El cadáver de Reyes ha sido reclamado por una mujer que dice ser su esposa, un abogado y una secta llamada "Iglesia Jesusiana", que afirma que Reyes era uno de sus seguidores.